Além da qualidade do ensino propiciado, o que é certificado pelas avaliações regulares feitas pelo Ministério de Educação, é notória a importância das atividades de pesquisa e de extensão promovidas pela FUNCESI. A FADECH desenvolve atividades de extensão voltadas para a complementação curricular, educação permanente e desenvolvimento de pesquisas e projetos aplicados, objetivando a interação entre instituições de ensino, governo, setor produtivo, terceiro setor e comunidade em geral. O Centro de Pesquisa, Pós-Graduação e Extensão (CEPPE) é o órgão responsável pela área de pós-graduação, projetos de pesquisa e cursos de extensão da FUNCESI. O CEPPE também oferece a oportunidade de atualização para alunos e professores com a realização de seminários e cursos.

A FUNCESI incentiva a pesquisa do corpo docente e do corpo discente dos cursos de graduação e pós-graduação lato sensu oferecidos pela instituição. A FUNCESI estimula a reunião entre alunos e professores para construção e efetivação de propostas de investigação nos diversos campos do conhecimento.

O objetivo central é promover a produção coletiva, mediante atitudes compartilhadas de investigação. O estímulo à produção intelectual e ao estudo de temas e problemas relevantes em âmbito municipal, regional e nacional, é fundamental. A relação professor/aluno tem por objetivo ampliar a troca de conhecimentos e proporcionar ao aluno a oportunidade de colocar em prática o que aprende em sala de aula, tendo a facilidade de uma orientação permanente do professor com quem trabalha.

Os resultados das pesquisas são publicados como artigos científicos nas revistas publicadas pela instituição. O CEPPE é responsável pelos programas e atividades que fomentam a formação de pesquisadores na instituição.