A CPA - Comissão Própria de Avaliação da FUNCESI foi instituída em 2004, atendendo ao Sistema Nacional de Avaliação da Educação Superior (Sinaes - Lei nº 10.861/2004), tendo por objetivo, a promoção da melhoria da qualidade da Educação Superior, no âmbito da IES. A comissão é formada por membros representantes da comunidade acadêmica (docente, discente e técnico administrativo) e da sociedade civil organizada.

A CPA é responsável por promover e fiscalizar os processos avaliativos nas IES, por meio da integração das ações de avaliação, envolvendo a autoavaliação institucional e a avaliação docente. Participam da avaliação discentes, docentes, funcionários, egressos e membros da comunidade. Os resultados da avaliação permitem identificar as fragilidades, propondo assim melhoria e o aprimoramento dos serviços oferecidos pela Funcesi, por meio de suas mantidas.