As atividades de pesquisa desenvolvidas na FUNCESI contam com o apoio da instituição que destina carga horária para o corpo docente, vinculando-os ao Centro de Pesquisa, Pós-graduação e Extensão. Além disso, projetos que demandam custos de determinados materiais são financiados pela própria instituição, que afirma o seu compromisso de fomento ao desenvolvimento científico e tecnológico.