O CEPPE é composto por Núcleos de Pesquisa e Extensão que se estruturam a partir das áreas do conhecimento definidas pelo CNPQ. Estes núcleos desenvolvem seus trabalhos e atividades a partir de uma perspectiva integrada dos campos do conhecimento, sem que haja neste sentido qualquer proposta por uma delimitação rigorosa quanto ao compartilhamento das atividades, ou mesmo quanto aos cursos de graduação e pós-graduação oferecidos pela FUNCESI.
A estruturação do CEPPE em núcleos permite maior visibilidade das áreas do conhecimento existentes na FUNCESI, bem como instiga e fomenta a criação de linhas de pesquisa que delimitam a identidade institucional na formação do conhecimento local, regional e nacional. Desta forma, os núcleos que compõem o CEPPE são assim identificados:

Núcleo de Pesquisa e Extensão em Ciências Humanas e Sociais Aplicadas
Relacionado as áreas de direito, cidadania, cultura, trabalho e educação, o Núcleo de Pesquisa em Ciências Humanas e Sociais Aplicadas tem como objetivo gerar conhecimento sobre as interações humanas e de seus produtos sociais como as fontes de bens e de recursos, arte e cultura, sociodiversidade, multiculturalismo, tolerância, inclusão/exclusão, relações de gênero, democracia e ética e violência; identificando possíveis padrões e regularidades, para que, eventualmente, possam ser reproduzidos ou servir de referência para análise crítica de processos semelhantes em outras localidades e situações.

Núcleo de Pesquisa e Extensão em Ciências da Saúde e Biológicas
Voltado para as áreas de Meio ambiente, sustentabilidade, promoção humana e saúde, o Núcleo de Pesquisa e Extensão em Ciências da Saúde e Biológicas tem como objetivo reunir análises de interações humanas com o meio ambiente sob o viés crítico da sustentabilidade e da promoção humana, bem como estudos que envolvam análises científicas no ambiente natural.

Núcleo de Pesquisa e Extensão em Engenharias e Ciências Exatas
Com foco na inovação, criação e emprego de técnicas e da tecnologia em sistemas produtivos e não produtivos, o Núcleo de Pesquisa e Extensão em Engenharias e Ciências Exatas tem como objetivo produzir relatos críticos e experimentos na indústria, na sociedade civil, empresarial e no meio ambiente.

Núcleo de Pesquisa e Extensão em Linguística, Letras e Artes
Com vista à diversidade criativa da pessoa, e todas as suas possibilidades que transcendem a mera técnica, o Núcleo de Pesquisa e Extensão em Linguística, Letras e Artes tem como objetivo propor formas de se pensar e repensar o mundo a partir da linguagem e todas as suas variadas formas se expressa, possibilitando reflexões sobre as várias possibilidades de se ver e experimentar a vida.